Terra Zelchan (Selčany) sa spomína v roku 1243 pri popise chotára Klenian. 
Stredoveké Sečianky vznikli na mieste niekdajšieho veľkomoravského hradiska a v archívnych dokumentoch vystupujú od roku 1260, najskôr pod názvom ZELCHAN, resp. ZELCHEN. V roku 1332 – 1337 v súpise pápežských desiatkov figuruje kňaz Štefan z farnosti sv. Kozmu a Damiána. 
Počas svojho vývoja obec patrila viacerým šľachtickým rodinám, boli to aj Szombathelyiovci, v 19. storočí Liptayovci. Obec mala na začiatku 18. storočia kúriu a tri domácnosti, v dvadsiatych rokoch 19. storočia tu už stálo 44 domov a žilo 265 obyvateľov. 
Osobitné postavenie v histórii obce má tunajší kostol. Je veľmi starobylý, v obci stál už v 13. storočí. Starobylé patrocínium zasvätené sv. Kozmasovi a Damiánovi, mimoriadne rozšírené práve v dobe románskej korešponduje s obdobím vzniku starobylého kostola v Sečiankach. Kostol sa stal aj hlavným motívom obecného erbu.